従来の学説では、現生人類とネアンデルタール人の遺伝子差異は他の動物種ならば当然別種と認定されるレベルであり、ネアンデルタール人とホモ・サピエンスは混血できなかったとする考え方が有力であった。
旧人類は競争に負け、新参のホモ・サピエンスに取って代わられた。ホモ・サピエンスがアフリカから世界各地に広がる際、出会った旧人類をことごとく全滅させた可能性も指摘されていた。ところが、現在、この定説は大きく書き換えられつつあるらしい。
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『NAVERまとめ』「現生人類とネアンデルタール人は交わっていた!? 揺らぐ定説」

ネアンデルタール人と、現生人類“ホモ・サピエンス”は当たり前のように交配していたかもしれない…そんな驚くべき事実が、最近の遺伝子レベルの研究から徐々に明らかになってきています。
ネアンデルタール人のゲノム（全遺伝情報）解析で、なんと現生人類（ホモ・サピエンス）とネアンデルタール人が一部の遺伝子を共有していることが分かりました。

ネアンデルタール人のゲノムが解読された2010年に、あらゆる地域の染色体6万個とネアンデルタール人のハプロタイプを比較したところ、サハラ以南アフリカの地域以外の世界中の人々の遺伝子にネアンデルタール人のDNA配列が存在することが分かった。
アフリカ人を除く全ての現生人類は、ネアンデルタール人の遺伝子を平均で2％持っていた。

ネアンデルタール人との間に何が起こっていたか

約3万年前までネアンデルタール人とホモサピエンスが異なる種として共存していた事が分かっています。
つまり約47万年もの長い間ネアンデルタール人とホモサピエンスが別個の種とし独立して存在していたことに、なります。
数万年前に、私たちホモ・サピエンスとネアンデルタール人が出会った時に、何が起きたのか。石器の技術が伝わるといった文化的交流はあったらしい。おそらく物々交換も行われていた。もちろん、争うこともあっただろう。
実は、両者が争ったことを示す明確な証拠は今のところない。希望的観測かも知れないが、両者の関係は、おおむね良好なものだったのではないだろうか。

ネアンデルタール人との交雑

骨や遺物からだけでは、交雑が起こったかと言う問いに決して答える事は出来ない。ネアンデルタール人の骨からDNAを取り出してその配列を解読するしかこの問いには答えられない。この問題にチャレンジしたのが現在ライプチッヒのマックスプランク人類進化研究所のスバンテ・ペーボさんのグループだ。
彼はまったく新しい方法を使って、これまでまったくわからなかったネアンデルタール人の行動を明らかにした。それは、私たちホモ・サピエンスとネアンデルタール人の性交渉である。ホモ・サピエンスとネアンデルタール人は、セックスをしていたのだ。
今回の研究結果の一番の驚きは、ヨーロッパだけでなく、大陸全域の現生人類が、つまりフランスから中国、日本、パプアニューギニアまで、同じ割合でネアンデルタール人の遺伝子を秘めていることだ。結果的にこれは中近東でネアンデルタール人と現生人類が初めて出会い、そこから種として広まっていった、という仮説を裏付ける。
詳しく見ていくと、非アフリカ系現代人でも、ヨーロッパ人よりも東アジア人の方が、平均的にはわずかながらネアンデルタール人由来のDNAを多く有していることが明らかになってきました。

ネアンデルタール人は想像以上に魅力的だった？

ネアンデルタール人。現生人類よりも原始的で知能が低く言葉もなく、大柄で筋肉質で猿人類のような顔だと推測されたい放題だが、積極的に火を使い、石器や壁画なども見つかっている事から、「当時のホモ・サピエンスとさほど変わらなかったのでは？」という声も多数ある。
ホモ・サピエンスとネアンデルタール人の体格は、ほぼ同じである。ネアンデルタール人のほうがガッシリしている分、体重はありそうだが、交配ができないほどの違いではない。

遠目には現生人類とあまり変わらない外見をしていたと考えられている。また、思春期に達して第二次性徴が現われるまではネアンデルタール人としての特徴はそれほど発現せず、特に女性の場合には（ネアンデルタール人類に限らず、現生人類を含む全ての進化段階で）形質の特殊化が弱いと考えると、我々現生人類はネアンデルタール人から見て幼児的・女性的に見えたかもしれないとも指摘されている。
遺伝子混合が何世代にもわたると、個体数が圧倒的に少ないネアンデルタール人のゲノムはしだいに減り、現生人類の中に吸収されていった。

混血が人類を強く進化させてきたらしい

ホモ・サピエンスとの混血があった旧人類はネアンデルタール人だけではなかった。近年発見されたデニソワ人（シベリアの洞窟で見つかった４万年ほど前の謎めいた指の骨から回収されたＤＮＡによって特定された人類集団）も、私たちの先祖との間に混血があった。

英科学誌ネイチャーに掲載された研究論文によると、これまで知られているものの中で最古となる30万年以上前の旧人類のDNAの解析で見慣れないDNAが発見された。これは、氷河期の欧州では人類の間で、従来考えられていた以上に広範に異種交配が行われていたことをうかがわせるという。

チベット人は最近発見された「デニソワ人」の遺伝子を受け継いでいるので「高地適応」できるようになりました。また、メラネシア系の人たちはかなりの量、デニソワ人由来のDNAを受け継いでいるそうです。
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だとすると、現生人類(ホモ・サピエンス)／新人(クロマニヨン人)／旧人(ネアンデルタール人)／原人といった区分全体が妥当なのか？その見直しが迫られる問題ではないか。
そのためにも、そもそも、現生人類(ホモ・サピエンス)／新人(クロマニヨン人)／旧人(ネアンデルタール人)／原人という区分の遺伝子学的根拠は何なのか？それを明らかにする必要があるだろう。