人類はチンパンジーからと分岐したという定説も怪しい。
この説の根拠として両者のDNAが99％一致するとされているが、この「99％一致」はデータ改竄の産物であることが、『gigazine』2015年07月21日「人間とチンパンジーのDNAは99％一致するというのは本当なのか？」で指摘されている。以下、要約する。
人類とチンパンジーの遺伝情報のうち、比較できない人間の25％とチンパンジーの18％を除いた、57％だけを比較して、人類とチンパンジーのDNAが99％と一致すると、科学者は唱えているということだ。
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「人間とチンパンジーではDNAの違いはわずかに1％しかない」という「99％一致説」。しかし、それは間違いであることが指摘されている。
公開動画「Are We Really 99% Chimp?」

実際、人間とチンパンジーでは、DNAの遺伝子情報はかなり違っている。
染色体に至っては、人間23対に対してチンパンジー24対と、本数そのものが違っている。

遺伝子情報を文字に書き起こして比べると、人間にあるがチンパンジーにはない遺伝子情報やその逆もある。
塩基配列のごく一部が違うだけで、ほとんどは同じという場合は、塩基配列のわずかな違いを一つずつ数え上げることができる。
しかし、まったく違う部分が存在する。例えば、人間とチンパンジーとで記述自体は共通しているけれど、人間では2回繰り返す場合がある。
同じパラグラフでも異なる場所に現れている場合や、文字列の順序が反対の場合、文を区切れば一致する場合など、判断が難しい場合がたくさんある。
このように数えるだけでは済まない場合は科学者はどうしたのか？
科学者たちは、大きく異なる部分は切り捨てたのである。切り捨てた文字数は13億文字。そして、残った24億文字だけで比較した結果が「98.77％一致した。つまり、人間の25％のゲノムとチンパンジーの18％のゲノムを無視して、残りの部分だけを比較したのが「人間とチンパンジーのDNA99％一致説」なのである。

もっと根本的な問題として、DNA情報の異なる程度は、単純な文字列の違いでは計れない。わずかなDNA情報の違いで、姿かたちがまったく異なることがあるし、逆にDNA情報がかなり違うのに、ほとんど同じ形の場合もある。つまり、DNAの情報がほとんど同じであることをもって、生物学的に近いとは言えないのである。
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実際、人類とチンパンジーの遺伝子は８割以上違うという研究結果さえ発表されている。「遺伝子：チンパンジーとヒト、違い８割以上（毎日新聞）」　―　研究チーム「違いは想像以上に大きい」【元村有希子】毎日新聞　2004年5月27日　2時00分
人類とチンパンジーの塩基配列の違いは５％だが、その遺伝情報によって作られたタンパク質では８３％で違いがあるということだ。以下、要約する。
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チンパンジーの２２番染色体とヒトの２１番染色体を比較した結果が英科学誌ネイチャーに発表された。
ゲノム（全遺伝情報）の暗号文字（塩基配列）の違いは約５％だったが、それを基に作られる遺伝子は８割以上で違いが見つかった。
これまで、ヒトとチンパンジーの塩基配列の違いは１％余りとされていた。
しかし、今回の研究では、両者で塩基の種類が変わっている部分が１．４４％あった他、塩基配列が加わったり、逆に欠けている部分が約６万８千カ所も見つかった。合わせた違いは５．３％になる。
また、染色体上の遺伝子２３１個を比べた結果、１９２個（全体の８３％）で、遺伝子が作り出すたんぱく質に違いがあった。
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