「現生人類とネアンデルタール人は交わっていた」では、従来の学説では混血できなかったされてきたホモ・サピエンスとネアンデルタール人が、実は交配していたという事実を紹介した。

それだけではなく、人類はチンパンジーからと分岐したという定説も怪しい。
人類とチンパンジーが分岐したという説の根拠は、両者のDNAが99％一致することとされているが、この99％一致という話自体が、データを都合よく改竄した上で成り立っているものらしい。
『gigazine』2015年07月21日「人間とチンパンジーのDNAは99％一致するというのは本当なのか？」
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「人間とチンパンジーではDNAの違いはわずかに1％しかない」という「99％一致説」が世間に浸透しています。しかし、本当に遺伝子配列の99％が一致するかというと、そうではないことが指摘されています。人間とチンパンジーのDNAの違いはどの程度のものなのか、DNAの違いを調べることに意味はあるのかなどが、分かりやすく解説されたムービー「Are We Really 99% Chimp?」が公開されています。

よく言われるのは人間とバナナの遺伝子(DNA)は50％が一致するということ。同様に、人間と犬では80％が、チンパンジーにいたっては99％のDNAが共通だと言われます。この場合、体内の細胞を取り出してみると、染色体に代表されるDNAの遺伝子情報のごく一部のみが異なるように受け取れます。

しかし、実際には人間とチンパンジーでは、DNAの遺伝子情報はかなり違っています。人間とチンパンジーが別の種に別れたのは600万年前から800万年前。別の種になってからも、ともに進化を続けて遺伝子情報がそれぞれ変化してきました。人間の染色体は23対なのに対してチンパンジーは24対と、それぞれ独自の進化を遂げてきました。

遺伝子情報を文字に書き起こして比べてみます。
人間にあるけれど、チンパンジーにはない遺伝子情報やその逆もあり。それ以外の部分は、塩基配列はごく一部が違うだけでほとんど同じ。これらの違いを科学者がどう捉えるのかが、99％一致説の鍵を握ります。

塩基配列のわずかな違いは一つずつ数え上げることは可能。では、まったく違う部分はどう扱えばよいのでしょうか？
例えば、人間とチンパンジーとで記述自体は共通しているけれど、人間では2回繰り返す場合はどうでしょう。
これらをすべて1文字ずつ違うものとして数え上げるべきか……それともパラグラフ全体を「1つ」の違いとして数えるべきか。
同じパラグラフでも異なる場所に現れている場合はどう考えるべきか？
文字列の順序が反対の場合は？
文を区切れば一致する場合はどうか？……など判断が難しい場合がたくさんあります。

この難問に対する科学者の回答は……なんと、「大きく異なる部分は切り捨てる」という大胆な方法。
その数、なんと13億文字。
一方、残った24億文字だけを考えて……比較した結果が「98.77％の一致」というわけです。つまり、人間の25％のゲノムとチンパンジーの18％のゲノムを無視して、残りの部分だけを比較して出されたのが「人間とチンパンジーはDNAが99％一致している」という99％一致説なのです。

さらに、根本的な問題としてDNA情報の異なる「程度」は単純な文字列の違いでは計れないというものがあります。
わずかなDNA情報の違いで、姿かたちがまったく異なることがあったり……他方でDNA情報がかなり違うのに、ほとんど同じ形の場合もあったりします。
つまりは、DNAの情報がほとんど同じであることをもって、生物学的に「近い」とは言えないということ。
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つまり、人類とチンパンジーの遺伝情報37億文字のうち、大きく異なる13億文字(35％)を除いた24億文字(65％)だけを比較して、人類とチンパンジーのDNAが99％と一致すると、学者は唱えているということだ。
同じ部分だけ比較すると一致するのは当り前であって、まるでペテンのような話だが、実態としては、人類とチンパンジーの遺伝情報は64％程度しか一致していないということになる。

それどころか、人類とチンパンジーの遺伝子は８割以上違うという研究結果さえ発表されている。
「遺伝子：チンパンジーとヒト、違い８割以上（毎日新聞）」　―　研究チーム「違いは想像以上に大きい」
【元村有希子】毎日新聞　2004年5月27日　2時00分
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理化学研究所などでつくる国際共同研究チームがチンパンジーの２２番染色体とヒトの染色体を比較した結果を、２７日付の英科学誌ネイチャーに発表した。生命の設計図と呼ばれるゲノム（全遺伝情報）の暗号文字（塩基配列）の違いは約５％だったが、それを基に作られる遺伝子は８割以上で違いが見つかった。研究チームは「両者は進化の隣人と呼ばれるが違いは想像以上に大きい。ヒトへの進化をもたらした遺伝子の解明は簡単ではない」と話している。

チンパンジーとヒトの祖先は共通で、チンパンジーの２２番染色体はヒトの２１番染色体にあたる。研究チームは、チンパンジーの２２番（３３５０万塩基）の配列を昨年夏に決定し、既に解読済みだったヒトの２１番と精密に比較した。

これまで、ヒトとチンパンジーの塩基配列の違いは１％余りとされていた。しかし、今回の研究では、両者で塩基の種類が変わっている部分が１．４４％あったほか、塩基配列が加わったり、逆に欠けている部分が約６万８０００カ所も見つかった。合わせた違いは５．３％になるという。また、染色体上の遺伝子２３１個を両者で詳しく比べた結果、１９２個（全体の８３％）で、遺伝子が作り出すたんぱく質に違いがあった。

エイズウイルス（ＨＩＶ）のように、ヒトにもチンパンジーにも感染するが、ヒトでしか発症しない病気などの仕組みも遺伝子の比較から分かる可能性がある。理研の榊佳之・ゲノム科学総合研究センター長は「ＤＮＡのわずかな違いの積み重ねが、ヒトとチンパンジーの遺伝子の違いを生んでいる。今後は、特定の遺伝子同士の比較や、人間の病気の解明につながる研究に発展させたい」と話している。
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つまり、人類とチンパンジーの塩基配列の違いは５％だが、遺伝子が作り出すタンパク質では８３％、つまり、ほとんどで違いがあるということだ。

人類がサルから進化したことは間違いないし、その中の一種がチンパンジーであることは否定しない。しかし、遺伝子にこれだけの違いがある以上、チンパンジーだけを人類の祖先と限定することはできないのではないか？ゴリラやオランウータンをはじめとする他のサルから分岐したということも十分、有り得るはずである。
なぜならば、足の指が先祖返りして、それ以前の獣たちと同様、足で枝を掴むことが出来なくなったカタワのサルが人類である(「実現論前史ヘ.人類:極限時代の観念機能」)以上、その方が自然だからである。