氷河期の終わりとともにスンダランドの陸地が水没し、海に出ざるをえなかった当時の拡散の次にやってきた第2の拡散とも言うべき時代について調べて見ました。

現在のインドネシア人、及びマレー系人種に繋がる民族の大移動の流れです。
インドネシア専科より多くの資料を参考にさせていただき、現在この地に住む人々の人種、言語分類などから、そのルーツを辿ってみました。
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まずはこの地に住む人々の人種的分類と、言語を見てみます。

マレー系人種は南方モンゴロイドに分類される。中国人など北方モンゴロイドは顔は平面的で目は一重瞼の切れ長であるのに対して南方モンゴロイドは皮膚は黒く目鼻たちは立体的で瞳は大きい。今日のインドネシア人の先祖はアジア大陸から移住したモンゴロイドであり、人類の歴史という観点から古いジャワ原人とは関係がない。

民族の区分である言語の分類においてインドネシア人はオーストロネシア（アウストロネシア）語群に属している。
(中略）
最近の学説では語学的には台湾の高砂族の言語が最も古いオーストロネシア語になるらしい。すなわちアジア大陸から台湾に移動した民族集団がオーストロネシア語族の先祖である。約4500年前に台湾からフィリッピンに移り、そこから東西南北に拡散した、という説が有力になっている。

つまり、人種的にも、言語的にも現在のインドネシアおよびマレー系の人々のルーツは大陸にありそうです。それも漢民族の南下に伴い、その圧力により押出された人々が、台湾→フィリピン→東西南北に拡散し、玉突き的に元々いた現住民族も押出しながら今の地に住み着いたようです。
時期的には今から数千年前くらいの時期であり、西アジアで掠奪闘争が激化し、北方の草原地帯の遊牧民族を経て漢民族の南下へと繋がっていると考えられますね。

「＜双系＞は母系部族と父系部族の姻戚関係構築から始まった」（nandeyanenさん）で書かれている掠奪闘争の玉突きのルートも、こうしてみるとイラン高原から一直線ではなく、北方ルートだったようですね。