日本人の起源を追求するに当って、人類学界における‘定説’を概観しておきたいと思います。
更新世から縄文・弥生期にかけての日本人の変遷に関する総合的研究＞「日本人形成のシナリオ」では、以下のようにまとめられています。

現代日本人の形成過程に関心をもつ欧米の人類学者の多くは、150年ほど前から今日まで、ほとんど一貫して置換説を支持してきました。他方、50年ほど遅れて提出された日本人人類学者の初期の説もやはり置換説でしたが、1950年頃に変形説が提唱され、それが1980年頃まで多くの日本人人類学者の間の定説となっていました。混血説も日本人人類学者によって1940年頃に提唱されたのですが、その頃は細々としか支持されず、1980年頃までは変形説に押され気味で、影の薄い存在でした。しかし、その後、徐々に置換説に近い混血説が日本人人類学者の間で優勢になって今日に至っています。

1860年；置換説～1950年；変形説～1980年；置換説に近い混血説　と、定説も揺れ動きながら変遷してきているのがわかります。
混血説は想像つきますが、置換説と変形説については？？？だと思うので、
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引き続き更新世から縄文・弥生期にかけての日本人の変遷に関する総合的研究＞「日本人形成のシナリオ」から各説の概要を引用します。

現代本土日本人についての仮説は今日、「置換説」、「変形説」、「混血説」という３つの説に大きく分類されています。この分類は、弥生時代から古墳時代にかけて、主にアジア大陸から朝鮮半島経由で日本列島に渡来してきた人びとの遺伝的影響がどのくらいあったと考えているか、という観点からなされます。
①置換説は、弥生時代頃の渡来民が、それまで日本列島に住んでいた縄文時代人をほとんど絶滅させたか、あるいは辺境の地へ追いやってしまい、代わりに自分たちが日本列島の大部分を占めるようになった、と考えるものです。つまり、遺伝的影響がほぼ100％で、現代本土日本人はほとんど渡来民そのもの、ということになります。
②変形説は、日本列島の土着の民であった縄文時代人が、環境要因の影響で少しずつ身体的に変化して現代本土日本人になった、と考えるものです。この場合は渡来民の遺伝的影響は０％です。
③混血説は、渡来民が土着の縄文時代人と混血して、古墳時代以後の日本人の基礎を作った、と考えるもので、この場合は、現代本土日本人は縄文時代人と渡来民の遺伝子がある程度の割合で混ざった遺伝的組成を持っている、ということになります。

‘Ｙ染色体のＤＮＡ多型分析’を基に追求されてきた当ブログの記事『ＤＮＡでたどる日本人の成り立ち』シリーズから行くと、どの説になるのでしょう？
若干の地理的勾配が見られるものの、例え数％とは言え全ての遺伝型が残っているということは、やってきた全ての民族が日本（北海道除く）では共存≒混血してきたことを意味しているのではないでしょうか？
弥生以降、私権闘争は生じているようだが、どんな外圧であれ、まずは『受け容れ≒同化する』
縄文以来、変わらない日本人の精神風土として受け継がれているのではないかと思います。